Majitelem původně gotického hradu se na konci 15. stol. stal rod Pernštějnů. Na přelomu 16. a 17. stol. se Přerov dostal do držby Karla st. ze Žerotína, za něhož vyvrcholila přestavba hradu na renesanční zámek. Větší stavební úpravy interiérů i exteriérů zámku provedli až v 1. pol. 19. stol. Antonín hrabě Magnis a jeho syn Vilém. Po vzniku Československa převzalo zámek město Přerov, které přizpůsobilo interiéry zámku pro muzejní expozice a depozitáře. Muzeum Komenského bylo do prostor zámku přestěhováno na počátku 30. let 20. stol.
