Muzeum bylo otevřeno v roce 1972. Základem se stala soukromá sbírka prof. PhDr. Jana Malíka, neúnavného organizátora loutkářského života, praktika i teoretika, historika, pedagoga a sběratele. Za dobu existence muzea se sbírka značně rozrostla a je stále doplňována. Dnes čítá kolem 50 tis. předmětů, z toho více než 8.500 loutek z celého světa. Do sbírky patří i scénické návrhy a makety, kulisy, výtvarná díla s loutkářskou tematikou, plakáty, programy, fotografie, zvukové záznamy, videozáznamy, tiskoviny, rukopisy a další archiválie.
