Na místě zámku stál dříve královský hrad, založený v 1. pol. 13. stol. Na renesanční zámek byl hrad přestavěn koncem 16. stol., počátkem 18. stol. byl přestavován podruhé, barokně. V té době byl k zámku připojen také skleník, zimní zahrady a rozsáhlý anglický park. Do současné podoby byla Hluboká upravena v období vrcholného romantismu v letech 1839-71 ve stylu tudorovské gotiky, po vzoru anglického královského zámku ve Windsoru. Od r. 1956 je v bývalé zámecké jízdárně umístěna Alšova jihočeská galerie s bohatou expozicí.